Por un lado, tenemos plantas transgénicas desarrolladas con el fin de mejorar las características agronómicas de los cultivos. Pertenecen a este grupo los cultivos transgénicos que se siembran actualmente en Argentina: la soja, el maíz y el algodón con tolerancia a herbicida y resistentes a insectos. También hay desarrollos, como la soja y el trigo tolerante a condiciones adversas como la sequía. Todas estas características contribuyen a que podamos ser más eficientes en el uso de recursos y produzcamos más en la misma superficie. En algunos casos, como en los cultivos resistentes a insectos, también se logra una mejora en calidad por tener menos granos dañados y, consecuentemente, menor presencia de micotoxinas, en maíz resistente a insectos, por ejemplo. 

Por otro lado, tenemos cultivos transgénicos que brindan alimentos que duren más, con propiedades nutricionales mejoradas o modificadas. En esta nueva generación de cultivos transgénicos se buscan cambios específicos en la composición de las plantas. Así, se puede lograr que una planta fabrique sustancias que antes no fabricaba, o que fabrique más de lo que nos hace bien o que fabrique menos de lo que nos hace mal. También se busca reducir el desperdicio, logrando que mantengan su calidad por más tiempo. Dos ejemplos de este último caso son las papas Innate® y las manzanas Arctic® transgénicas con pardeamiento reducido que ya se encuentran disponibles comercialmente en EEUU y aprobadas en Canadá. 

A esta nueva generación de cultivos transgénicos también pertenecen los desarrollos que buscan la modificación en la proporción de nutrientes u otros componentes, la biofortificación, o la eliminación de toxinas y alérgenos naturales. Por ejemplo:

Mejores aceites: en la lista de estas modificaciones se destacan las destinadas a evitar la hidrogenación (soja alto esteárico, alto oleico o bajo linolénico), incorporar omega 3 (en soja, canola y lino) con el objeto de reemplazar aceites de pescado para estos ácidos grasos, y aumentar los niveles de vitamina E (en maíz, soja y canola).

Arroz dorado:: a este arroz se le agregaron los genes necesarios para producir beta caroteno, el precursor de la vitamina A. El arroz dorado podría mejorar la salud de millones de chicos, sobre todo en Asia, que sufren de ceguera y cuadros intestinales y respiratorios graves asociados a la deficiencia de esta vitamina. 

Tomates con mayor contenido de licopeno: el licopeno es antioxidante, neutraliza los radicales libres que se producen en el organismo y que llevan al envejecimiento celular y al desarrollo de enfermedades cardiovasculares y ciertos tipos de cáncer. Ya han logrado tomates transgénicos que contienen entre 2 y 3, 5 veces más licopeno que los tomates comunes, aunque todavía no están en el mercado.

Mandioca (yuca) con menor contenido de glucósidos cianogénicos: la mandioca es una fuente importantísima de hidratos de carbono en todo el mundo y contiene glucósidos cianogénicos, que provocan una enfermedad degenerativa en las personas si la comida no es procesada correctamente antes de su consumo. Los científicos en este caso emplearon a la biotecnología moderna no para agregar genes, sino para “silenciarlos" (bloquear su expresión) con el fin de disminuir el contenido de glucósidos cianogénicos. Plantas de mandioca transgénica, que produzcan una cantidad mínima o nula de cianógenos, podrían reducir o incluso eliminar el peligro de intoxicación, así como la necesidad de un extenso procesamiento de la mandioca cosechada. 

Otros ejemplos basados en el silenciamiento de genes son los desarrollos de maní y soja hipoalergénicos, café con menos cafeína y trigo libre de gluteninas.

Si bien ninguno de estos cultivos se comercializa aún, muchos están siendo evaluados como alimento para el consumo humano y animal, e incluso algunos ya están listos para ser comercializados. Un ejemplo es la soja cuyo aceite contiene una mayor proporción de ácido oleico.